最近由于要处理一批vcf文件，可能会对vcf文件操作的多一点，特此记录下关于vcftools软件操作vcf文件的一些命令及技巧

从样本中批量提取目标样本

vcftools --gzvcf input.vcf.gz --keep sample.txt --recode --stdout | gzip -c > output.vcf.gz

注：

–vcf 输入的是未压缩的vcf文件

–gzvcf 输入的是压缩后的vcf文件

在群体遗传学中，遗传多样性参数是衡量群体遗传多样性的重要指标，比如Fst、π、Tajima’s D等。

1、Fst计算

Fst是衡量群体间分化程度的重要参数，Fst越大，表明群体分化程度越高，受选择程度越高。基于Fst可以进行选择性消除分析。

计算两个群体间fst值，pop1.txt和pop2.txt是包含了各群体的样品名

vcftools --gvcf input.vcf.gz --weir-fst-pop pop1.txt --weir-fst-pop pop1.txt --fst-window-size 200000 --fst-window-step 100000 --out output.window.fst

参考资料：

美吉生物https://mp.weixin.qq.com/s/TsaAB_QCC96QuPn1QXKTOA

生信百科https://mp.weixin.qq.com/s/Ar4I33z9UhMSP-Bi86XJyw

###好久没用Github进行更新日志，竟然打不开我的github搭建的博客了，仅以这个博客作为测试！

配置一次累一次，好吧！就当复习练手了！

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